故事延续第一季，原石反应堆计划在上京市遭到王一飞等人的破坏后，王一飞被神秘的黑甲武士掠走，去向不明。与此同时，来自南海边陲的除魔少女唐寻嫣带着她的守护者燕青，踏上了这片是非之地。盘古少爷丁思聪渔翁得利成功接管盘古集团后，为挽救家族企业，锐意开发并推出VR游戏，一时大卖。不料好景不长，白天看似平静的上京市，一到夜晚，竟变成人人自危的屠宰场。神秘反派利用方石的黑暗之力，异化无辜市民，化身不明生物，昼伏夜出，猎杀一切所见之物。唐寻嫣和她的守护者燕青力图挽救危局，彻查不明物种源头。丁思聪和织田信长面对内忧外患，选择抗争到底。
在三十年代的上海，代号“灵猫”的我党上海某地下情报站成员乔山奋战在隐秘战线：先是在情报站成员古方仁、古文雅等的配合下，借助日特犬养浩对龙门的觊觎，赢得了龙门老大龙浦生的信任，在龙门站稳脚跟。后受命打入军统，利用国民党中央组织部党务调查科徐显文和力行社特务处郑博群之间的矛盾，斡旋在龙门帮、国民党和日特机关之间，使其彼此牵制，成功救治我军重要领导人。同时他还与叛徒周家坤斗智斗勇，保卫我党在上海的秘密组织、查清和惩治了叛徒。最终，在妻子龙宝宝和“亦敌亦友”的许东城同志暗中帮助下，乔山冲破重重封锁，历经九次生死考验，为苏区输送急需的军火和药品，为保卫党组织安全，支援苏区反“围剿”斗争以及全国的解放立下了特殊功勋。
在动画片中，家长们可以找到自己童年的回忆，他们可以在动画片外与孩子交流“我小时候的生活是这样的”，与此同时，孩子们还会恍然大悟“其实过去和现在差不多”。动画片在不同年代的人之间架起了一座沟通的桥梁，在不搭调的一言一语之间给了我们一个难得的机会，同彼此一起开怀大笑。喜剧、温情、真实写照……这些百试不爽的佐料混合成了《小淘气尼古拉》这道动画大餐，吸引广泛的观众群体来一起大快朵颐，一饱眼福。
该剧通过两位由于强烈的母性引起冲突的女人，展现了两位强大母亲之间的友情。
